Linux にあまり関係ない話ですが、 Windows 版だけでなく Linux 版でも再現できるバグだったので、ここに載せておきます。
Thunderbird で受信したメールを整理しようとしてフォルダを作成していた時に、 Thunderbird では受信したメールを保存するフォルダの名前が「受信トレイ」と表示されていたので、「それなら Inbox という名前のフォルダを作成しても大丈夫だろう。もし駄目ならエラーメッセージが表示されて作成できないようになっているだろうから。」と思って、 Inbox というフォルダ名を指定したところ、既に存在する Inbox フォルダの内容が消滅してしまうという恐ろしいバグを踏んでしまいました。（証拠動画： http://www.youtube.com/watch?v=No3lyZNk9Hc ）
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=749909 にて進行中ですが、その中にナレッジベースへのリンクが登場したので、貼っておきます。
http://kb.mozillazine.org/Disappearing_mail
こういう情報は事前に知っておかないと間に合わないでしょうから・・・今回のバグには無力そうな気がしますが・・・。